RecursiveDirectoryIterator の使い方を完全に間違えてました。 環境によっては古い間違ったコードでも期待通りの動作をするんだけど、それはたぶんバグ。

Ports にありました。(devel/ZendOptimizer) libm も misc/compat5x で解決。(ただし /etc/rc.conf に compat5x_enable="yes" と書くのを忘れずに)