call_user_func() 関数で引数に参照を受け取る関数を呼んだ場合、その引数は内部的に一度コピーされた変数が渡されるため、PHP4 でオブジェクトを渡し、関数内でオブジェクトのプロパティを操作する場合など、ちょっと困ることがあります。
そこでコールバックとしてオブジェクトのメソッドを指定するときは array(&$instance, 'method') と書くのだから、引数の場合も call_user_func_array($callback, array($value, &$object)) でいけるのでは? と思い試してみたところ、OK でした。
あとで探してみたら call_user_func_array() のマニュアルページのコメント欄にも載っていましたが、知っていると役立つことがあると思います。
ちなみに 同マニュアルの別のコメントによると、参照を返す関数を呼んだときは期待通りにいかないことがあるようです。
